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Nella località Rovera di Malnate esisteva anticamente una piccola cappella, dedicata a san Gemolo, probabilmente edificata intorno alla metà del XIV secolo e legata alla Badia di Ganna, proprietaria di alcune terre in Malnate.
La badia sorgeva sul luogo nel quale il giovane Gemolo, nipote di un vescovo d'Oltralpe, in viaggio verso Roma, fu martirizzato, probabilmente nel secolo XI, insieme al compagno Imerio.
La cappella era bassa, aveva il soffitto a volta e sull'altare vi era un affresco che rappresentava il santo.
Spesso cappelle come quella di Rovera si trasformavano col tempo in luoghi pagani, che poco avevano a che vedere con la religione cristiana, o non risultavano più sufficienti alle esigenze del popolo; l'arcivescovo di Milano Carlo Borromeo, qui giunto in visita pastorale nel 1574, ha quindi proibito la celebrazione della santa Messa in un luogo tanto fatiscente e, nel rispetto delle indicazioni del santo, gli abitanti, alla fine del 1500, hanno abbattuto la cappella per costruire una vera e propria chiesa, realizzata poi nel corso del XVII secolo.
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