San Carlo Borromeo, in veste di Cardinale di Milano, si attivò moltissimo perché tutte le chiese, soprattutto per le più povere, acquistassero dignità anche sul piano formale e diventassero sedi idonee per le celebrazioni religiose e, giunto a Malnate, prescrisse la sistemazione anche della chiesetta di San Matteo.
Le prescrizioni di san Carlo non sono state prese molto in considerazione, avendo dato i Malnatesi priorità per molti anni alla realizzazione di altri progetti, per esempio, agli inizi del 1600, il paese ha contribuito alla costruzione del Sacro Monte e sembra che Malnate avesse abbandonato diverse opere sul territorio, per inviare una cinquantina di uomini con il compito di estrarre dalla montagna i sassi necessari e contribuire all'edificazione delle cappelle.
I problemi della chiesa di San Matteo passarono quindi in secondo ordine, tanto che il cardinale Federico Borromeo, in visita nel 1612, ne proibì l'uso a causa dello stato di degrado in cui l'aveva trovata.
La chiesa non subì trasformazioni di rilievo fino alla metà del 1700, quando il parroco don Lorenzo Sarinelli, in occasione della visita del cardinale Pozzobonelli, si sentì in dovere di fare qualcosa per migliorare lo stato della chiesetta. Superando difficoltà di vario genere, il parroco riuscì nel suo intento e non si accontentò solo di una sistemazione dell'antica struttura ma diede inizio ai lavori di ampliamento verso ovest.
Tutto il corpo dell'attuale chiesa, quindi, è un'opera del 1700, realizzata nell'arco di una decina di anni, grazie a donazioni di facoltose famiglie malnatesi, ma probabilmente i finanziamenti non furono sufficienti per il completamento dei lavori, infatti la facciata risulta ancora incompiuta.

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